Jash, 16 ans, travaille dans une petite librairie tenue par un couple, Nicolas et Perenelle. Un jour, quatre hommes débarquent et détruisent la boutique au moyen d'étranges pouvoirs. Nicolas riposte, usant lui aussi de la magie, mais il ne parvient pas à empêcher les hommes d'emporter un vieux livre...
Josh et Sophie savent désormais que le docteur Dee possède le livre qui permet à Nicolas Flamel, le célèbre alchimiste, et sa femme Pernelle de rester en vie. Fuyant une nouvelle attaque de leur ennemi, les jumeaux débarquent à Paris mais se retrouvent vite pris dans les filets d'un autre personnage, Machiavel, et son armée de monstres...
Nicolas Flamel et les jumeaux se rendent à Londres où le roi Gilgamesh doit leur enseigner la magie élémentaire de l'eau. De leur côté les Ténébreux ordonnent à Dee et Machiavel de se débarrasser d'eux au plus vite sans quoi ils se verront infliger les pires souffrances. Ils partent alors pour Alcatraz où Pernelle Flamel est retenue prisonnière.
